Días después la Guardia Civil procedió a desmantelar el 'comando Urederra' y a la detención de sus principales componentes. Agirre y el hermano del jefe del comando, Ignacio Lerín, no pudieron ser arrestados. Aunque en algún momento se barajó la posibilidad de que 'Ehun' se hubiera quedado en Alava para preparar una nueva célula etarra, su detención en la frontera franco española supone que huyó a Francia tras el arresto de sus compañeros.
El historial de Ekaitz Agirre se inicia en agosto de 2000, cuando participó, según el Ministerio de Interior, en una manifestación no autorizada en la que fue atacado un autobús en el paseo de Miracruz, en San Sebastián. Dos años más tarde, la Guardia Civil le detuvo por su presunta participación en estos disturbios. Permaneció cuatro meses en prisión y luego quedó en libertad provisional. Según el ministerio, en septiembre de 2003 fue ordenada su detención para que cumpliera 15 meses de cárcel por un delito de amenazas a los agentes de la autoridad, a raíz de los incidentes de 2000 en la capital donostiarra.
Naciones Unidas
Junto a él fue arrestado en la frontera Aingeru Cardaño Reoyo,. Este activista, nacido hace 28 años en Bilbao, fue detenido por la Ertzaintza en 2003 acusado de intervenir en la quema de un autobús urbano en la capital vizcaína, cargo del que fue absuelto. Cardaño denunció haber sido torturado por la Policía vasca y su caso fue incluido en el informe del año 2005 elaborado por el relator de las Naciones Unidas contra la tortura.







