La situación, al margen de la indisimulada rivalidad entre las dos unidades, se ha hecho más delicada si cabe después de que los máximos responsables de los dos departamentos se hayan visto envueltos en sendos escándalos. El pasado diciembre, Interior destituyó al comisario jefe de la Unidad Central de Desactivación de Explosivos, Juan Jesús Sánchez Manzano. Todos los sindicatos del cuerpo y varios mandos policiales reclamaban su relevo desde meses atrás al ministro Alfredo Pérez Rubalcaba por su falta de preparación académica sobre explosivos y sus errores y contradicciones durante la investigación de los atentados del 11-M.
Sánchez Manzano estaba en la picota desde su comparecencia ante la comisión parlamentaria que investigaba la masacre de los trenes de Madrid. Allí, el comisario se declaró «especialista» en explosivos e hizo todo tipo de consideraciones técnicas sin tener formación científica alguna. Luego, ya ante el juez Juan del Olmo, tuvo que desdecirse de sus afirmaciones y reconocer que lejos de ser un especialista ni siquiera había realizado el curso reglamentario de desactivación de explosivos.
En la otra acera, el 'caso del ácido bórico' amenaza con terminar con la carrera profesional del comisario general de la Policía Científica, Miguel Ángel Santano. La justicia sentará en breve en el banquillo a Santano y a sus tres más estrechos colaboradores por el peritaje sobre el ácido bórico. El tribunal considera que los mandos policiales podrían haber realizado o autorizado manipulaciones punibles en el informe pericial que pretendía establecer conexiones entre ETA y los islamistas que ejecutaron la matanza del 11-M.