La forma de elegir a los directores de los centros es motivo de pugna entre el Gobierno autónomo y el Ejecutivo central. El sistema de elección vasco, diferente al marcado en la LOE, ha sido recurrido en diferentes ocasiones por parte del Estado. El Tribunal Superior de Justicia del País Vasco llegó a derogar un decreto de 2005 por no ajustarse a la Ley Orgánica.
Para CC OO, la decisión del departamento de Tontxu Campos (EA) de «paralizar» la tramitación de la reforma de la ley de la Escuela Pública Vasca en este apartado evidencia la «incapacidad» del consejero y su «nula voluntad a sujetarse a la normativa en vigor», además de situar a los colegios de la comunidad en un «vacío jurídico».







