El auto del juez, de 1.460 folios, comienza relatando que el 11 de marzo de 2004 se produjeron "un serie encadenada de explosiones entre las 7.36 y 7.40 minutos" en diferentes puntos de la línea de tren de cercanías de Madrid "ocasionando 191 muertos y 1.755 heridos -en número todavía provisional- amén de innumerables daños materiales".

Explica que en esos cuatro minutos se produjeron en algunos casos de manera simultánea explosiones en la estación de Atocha, en la línea situada en la calle Téllez, en la estación del Pozo del Tío Raimundo y en la de Santa Eugenia. Tras incorporar el largo listado de los fallecidos y heridos como consecuencia de estos atentados, que ocupa 41 folios, el juez detalla cuáles fueron los primeros datos que llegaron al juzgado en torno a las "diez explosiones ocurridas en cuatro trenes procedentes de la estación de Alcalá de Henares y con destino a Atocha".

El auto incorpora los informes policiales iniciales sobre la recogida de efectos y localizaciones de explosivos, entre ellos, el del primer vagón del tren de Atocha y el del tercer vagón de la estación del Pozo que al intentar neutralizarlos explotaron, además de los realizados sobre los miles de registros y otros análisis.

El juez detalla en cientos de folios todos y cada uno de estos informes policiales en los que se investigan, por ejemplo, la localización de la furgoneta en Alcalá, el 11 de marzo, los realizados sobre la explosión provocada por los terroristas suicidas en Leganés o los efectos localizados en la finca cerca de Morata de Tajuña (Madrid) ocupada por algunos de los implicados.

Además, para argumentar los procesamientos acordados hoy, el juez expone los análisis realizados de cintas de vídeo, como la de reivindicación de los atentados dos días después, de anotaciones manuscritas por imputados y de informaciones almacenadas por los terroristas en discos duros de ordenadores incautados.

Del Olmo incorpora documentación desclasificada del Centro Nacional de Inteligencia (CNI), como una nota, fechada el 27 de octubre de 2003, unos cinco meses antes de los atentados, que advierte de que "las amenazas explícitas a intereses españoles" por parte de Al Qaeda "han crecido significativamente en los últimos meses".

El auto, de 1.460 folios, concluye el análisis de los delitos imputados, que son esencialmente pertenencia o integración en organización terrorista, estragos terroristas y asesinatos, y el grado de participación de cada uno de los 29 procesados y advierte que el resto de los imputados no son procesados porque en "en este momento" no concurren "indicios racionales de criminalidad" para ello.