Nacido en Bilbao el 11 de octubre de 1932, Madariaga fue uno de los fundadores del grupo Ekin, en el año 1952. Ekin, organización que estaba formada, en su mayoría, por estudiantes vizcaínos, fue el embrión de la futura ETA, a raíz de su ruptura con el nacionalismo tradicional. Julen Madariaga fue uno de los primeros dirigentes de ETA, tras la constitución de este grupo en 1958, y fue el primer responsable de lo que entonces se denominó "rama de acción".

A principios de los años sesenta se exilió en Francia, cuyo gobierno le prohibió en 1961 residir en los doce departamentos más cercanos a la frontera española. Fue la primera vez que París adoptó esta medida contra miembros de ETA. En 1964 fue objeto de una orden de confinamiento junto con Benito del Valle, otro de los fundadores de ETA.

En 1965, cuando el Gobierno francés dictó una prohibición de estancia en su territorio a los dirigentes históricos de ETA, Madariaga junto a otras personas solicitó asilo político en Bélgica. Sin embargo, las autoridades de Bruselas sólo aceptaron a 'Txillardegi' por lo que Julen Madariaga se trasladó a Argelia. En esta época utilizó el apodo de Ahmed. Regresó unos años más tarde, pero en 1972 fue expulsado de nuevo, en esta ocasión a Chile.

Ya en los años ochenta, fue detenido en Francia dentro de las investigaciones derivadas del hallazgo del zulo de Sokoa, aunque quedó en libertad. La Policía registró entonces su domicilio y los locales de la empresa Aturri, de la que era propietario.

Imanes

El 31 de mayo de 1988 fue detenido nuevamente acusado de haber fabricado en las instalaciones de su empresa imanes suministrados a ETA para su utilización en bombas. A raíz de este arresto ingresó en prisión. El 10 de julio siguiente, la Policía descubrió en su domicilio un zulo en el que había maquinaria para fabricar armas. Por estos hechos fue condenado a cuatro años de cárcel y cinco de prohibición de estancia en Francia.

En 1991, fue puesto en libertad y se instaló en Bilbao, donde comenzó a trabajar como abogado. En esta etapa el que fuera fundador de ETA comenzó a mostrarse muy crítico primero con los sectores más duros de KAS y luego con la propia organización terrorista.

En 1995, tras el asesinato del concejal del PP Gregorio Ordóñez, anunció su baja en HB, lo que le valió duras acusaciones de algunos de sus ex compañeros que lo calificaron de "tonto útil" y "trepa". A raíz de la escisión registrada en Batasuna bajo el liderazgo de Patxi Zabaleta, Julen Madariaga se alineó con el partido Aralar, de cuya ejecutiva forma parte y por el que fue candidato en Vizcaya.