Los objetivos de Euskotren de cara al horizonte 2012 siguen siendo objeto de crítica por parte de la oposición. A juicio de los socialistas, el plan estratégico 'Euskotren XXI' aprobado en 2001 por el Departamento de Transportes ha quedado «desfasado» entre otras cuestiones, por la segregación entre la compañía y Euskal Trenbide Sarea, gestor de las infraestructuras ferroviarias. Por ello, en una interpelación registrada en el Parlamento, el PSE insta al Ejecutivo a que «redefina» su estrategia futura.
Las críticas se centran en el tráfico de mercancías, en el desdoblamiento de vías y en la rentabilidad de la empresa. En el primer caso, denuncian que la pretensión era alcanzar los dos millones de toneladas, cuando ahora se transporta menos que en 1999, sólo 148.000. Respecto al desdoblamiento de vías (esencial para mejorar las frecuencias del servicio), se ha pasado del 15% al 18,75%. El objetivo planteado en su día era alcanzar el 40%, un hecho que el PSE considera «harto complicado». Por último, advierten de que el déficit por viajero ha pasado del 0,88 al 1,27% en cinco años.
