Con todas las cautelas, «porque se trata de un problema sumamente complejo», Jon Sobrino no eludió la pregunta sobre el papel de la Iglesia ante el conflicto vasco. Antes de entrar en valoraciones, no obstante, dejó bien claro que su experiencia no le otorga un conocimiento mayor del tema: «Me suelen decir que lo de El Salvador y esto se parecen mucho..., pues bien, no es así». En Euskadi, expone, «todo el mundo da la vida por supuesto», mientras que en Centroamérica la miseria condena a mucha gente a la muerte desde el mismo día en que nacen.
Dicho lo cual, fiel a su compromiso con el mundo que le rodea, reconoció que vería con buenos ojos la intervención de la Iglesia en el panorama vasco, «por la sencilla razón de que es una entidad que no está para ganar votos, tiene la mirada más limpia que los partidos políticos». En su opinión, con ese paso al frente debería abrirse un camino largo y necesario: «¿Hay que invertir en humanización!», clama. La clave está en hacer ver a la población «el fondo del conflicto, de todos los conflictos, que no es otro sino la quiebra de la fraternidad». La brecha entre unos y otros se presenta como una herida difícil de cerrar, pero, aun así, hay que intentarlo porque «si no podemos considerarnos hermanos, no hay humanidad....». Optimista y lleno de esperanza, también recomienda trabajar por las utopías -«aunque ya no se hable de ellas»- y valorar la importancia del perdón. «Esto último debe entrar en la cabeza. Hay personas que deben pedir perdón y dejarse perdonar».
